海軍敦睦艦隊官兵下船趴趴走，足跡遍布全台，讓六都市長繃緊神經，而高雄市也因此成了最大受災戶，市長韓國瑜強硬要求多位已接受隔離的海軍官兵進行疫調，對此，防疫指揮官陳時中表示，依規定若該人未確診，可以拒絕接受疫調；但韓國瑜仍堅持不接受疫調便開罰。
為了加強高雄醫護防疫等級，韓國瑜更宣布要對高雄市全體醫護進行普篩，卻遭到陳時中二度「打槍」，認為不因過度消耗防疫能量；兩人二度「撞車」，也引發外界關注。
港媒報導也稱，敦睦艦隊案韓國瑜處理得當，而處處否決韓的陳時中卻也因此「跌下神壇」；中時電子報所進行的網路投票中，網友們也是一面倒的支持韓國瑜進行醫護普篩，支持度差距來到懸殊的85.45％比14.15％！
對此，網友討論指出，「不是陳時中跌落神壇，而是陳時中本來就只是人、不是神！」、「防疫染上政治味產生雙標，指揮官頓失公信和形象」、「如果韓國瑜順時中，一位海軍就查不到確診，還要趴趴走多久，陳時中有道歉嗎？」、「如果同一個目地都是為了台灣好，高雄好的話，陳時中為何反對？」、「疫情指揮中心面對高雄疫情明顯帶有政治味！」
