國安局私菸案爆發後，國安局局長、侍衛長立刻下台負責，不過，卻有人質疑，為何總統府祕書長陳菊未受到懲處。對此，時代力量立委黃國昌出面說「公道話」，並強調國安會秘書長李大維，至今仍持續神隱，讓人不滿。
交通部長林佳龍表示，國安局私菸案涉及違法走私，相關單位絕對會持續追查，直到真相大白，絕對不會護短，且究責無上限，「這是一個長期累積的問題，我們重點還是在解決問題，所以我講說，誠實是解決問題最好的方法。」
對於林佳龍的回答，黃國昌29日受訪時指出，華航董事長謝世謙仍然在職，讓執政黨「扣了很多分」，不曉得林佳龍是承受什麼政治壓力，才會讓謝世謙繼續擔任董事長，「這樣的董事長，還要繼續用下去嗎？」
▼林佳龍指出，這次事件究責將無上限。（圖／記者陳玉攝）
不過外界卻不斷將箭靶對準陳菊，認為身為總統府祕書長，難道不用負責嗎？對此，跟監多日並踢爆私菸案的黃國昌說，他必須說出公道話，「以目前所掌握的情況而言，並沒有任何事情是在總統府秘書長的權責範圍之內。」
此外，黃國昌反問，為何國安會秘書長李大維仍持續神隱，不為事件負責，「真正的重點是，國安局是國安會督導，總統出訪這麼大的行程，國安會祕書長卻沒掌握狀況，出這麼嚴重的事情，難道李大維可以置身事外嗎？」
陳菊也對外界批評回應，「如果有任何我的責任，我絕不逃避、我會承擔，該是誰負責就是負責，我不是一個會逃避責任的人」、「有關係到我，我必須負責，跟我無關的，我也會全力配合檢調。」
台北地檢署取得國安局少校警衛官吳宗憲、張恆嘉手中的團購名單後，29日上午提訊張恆嘉，釐清事件經過；與此同時，北檢發函國安局等機關，調閱相關文件，以釐清案情。
北檢29日下午派出6名檢察官，會同檢察事務官，前往國安局，對20名參與團購的國安人員進行隔離訊問，訊後全部都直接請回。
