桃園地檢署檢察長彭坤業日前被質疑受理一起名醫逃漏稅5億元案「陳情」後，不當指示檢察官與被告認罪協商，因而遭調職。高檢署成立調查小組查出，向彭坤業「陳情」引爆關說司法個案醜聞的幕後關鍵人物，竟是上一任法務部長邱太三，由於邱太三目前擔任總統府國安會首席諮詢委員，是總統蔡英文的重要幕僚，且知悉許多重大國家安全機密，卻毫不避嫌介入司法個案，恐使原本看似單純的關說醜聞，頓時升高為國安危機。
去年7月邱太三卸任法務部長後，總統蔡英文高度肯定他在部長任內對於司法改革等卓越貢獻，特聘他出任總統府國家安全會議首席諮詢委員，負責為總統提供國家安全有關大政方針的重要意見，薪水等同部長級，比國安會副秘書長還高，且不必申報財產，不料因司改有功而深受蔡英文倚重的邱太三，竟為司法個案，直接找上昔日由他提拔的檢察長，無異重重打了司改及蔡英文一巴掌。《蘋果》今天三度致電邱太三，但他助理都表示邱太三在開會中，非本人接聽，記者留下電話表明查證此案，至今未獲回應。但據了解，邱太三已接受調查小組調查。
《蘋果新聞網》調查發現，邱太三曾任檢察官、立法委員、陸委會副主委及桃園市副市長，與彭坤業是台大法律系同學，巧合的是，2016年7月彭坤業就是由當時法務部長邱太三提拔出任桃園地檢署檢察長，因此邱太三可謂彭坤業的同窗、長官及貴人，只是到頭來彭坤業也因邱太三而丟官。
整起事件起因2016年5月桃園地檢署獲報查出，壢新醫院院長張煥禎涉嫌從2007到2016年間，利用人頭帳戶做假帳逃漏稅超過5億元，因此搜索壢新醫院並約談張煥禎等多名嫌疑人到案，去年10月依違反《稅捐稽徵法》將張煥禎及多名共犯一併起訴，至今仍由桃園地院審理中。
但上月21日檢察官內部網路論壇突然出現一篇以「桃檢不僅累而且很爛」為題的貼文，署名「不過做幾年而已」，內容披露桃院某案被告是醫師，辯護人是前司法官，審理中要求認罪協商，檢察官表明要辯護人說明協商內容，他須上簽呈經許可才決定是否協商，幾天後卻收到襄閱、檢察長指示，要求檢察官不可反悔撤回協商、一定要盡力促成協商，甚至還「增派」一名檢察官偕同辦理認罪協商事宜。檢察官質疑全案涉及不當關說，企圖使被告經由認罪協商獲輕判，因此拒絕協商。
隔天媒體報導此事後，桃園地檢署發新聞指出，3月5日公訴檢察官至桃園地院蒞庭一起違反《稅捐稽徵法》等案件，法官詢問公訴檢察官有無聲請進行協商程序，公訴檢察官陳稱：「就協商程序是有意願，只是目前尚未確切達成共識，是否仍請法院先行進行審查或審理程序之決定」，而辯護人陳稱：「…我們上周才跟檢座協商，只有兩天，因為時間太短暫了，且被告也表示願意親自跟檢方協商」。
後因桃園地檢署檢察長彭坤業接獲「陳情」，指公訴檢察官原願意認罪協商，後又反悔不願協商。而公訴檢察官對於是否進入協商與辯護人認知不同，認為僅是聽取對方條件再行回報。檢察長為免使外界認為檢察官已啟動協商程序無故反悔，有損檢察機關形象、公信力，認為公訴檢察官既已聽取辯護人意見，實質已進行協商程序，才基於檢察一體原則，指示繼續進行協商程序，但未指示具體協商條件、內容，也無所謂儘力促成協商情事，更沒有指示增派公訴檢察官。
不過法務部長蔡清祥仍下令調查，高檢署檢察長王添盛立刻指示襄閱主任檢察官宋國業率檢察官許鈺茹、周士榆成立調查小組，當天下午趕抵桃檢展開大規模約談，從檢察長彭坤業、襄閱、公訴主任檢察官到55期的公訴檢察官陳嘉義，全都被要求製作筆錄，一直到當晚10點多才開庭結束。
接下來兩天雖逢周休假期，調查小組仍馬不停蹄持續追查事件始末，尤其為了釐清究竟哪位有力人士、在什麼場合、以何種方式向檢察長彭坤業「陳情」？調查小組卯足全力，據了解，光是彭坤業就被約談至少3次，直到24日周日下午彭坤業終於說出「陳情者」是邱太三，調查才告一段落。
當天王添盛得知初步調查結果，驚覺事態嚴重，連夜呈報法務部長蔡清祥，蔡清祥得知親手交給他法務部印信的邱太三，竟捲入這起司法個案關說爭議，大為震驚，隔天周一上班即親自打電話給彭坤業，告知將暫時調職回高檢署，彭坤業堅持處理過程沒有問題，但只能吞下，當天中午調查小組又通知彭坤業到高檢署開庭補做一次筆錄，事後再由法務部召開檢察官人事審議委員會，決議將彭坤業調任高檢署主任檢察官。
據了解，調查小組開庭時，主要由宋國業主導調查方向及行政協調事宜，許鈺茹、周士榆則負責提問，彭坤業原本認為沒有必要說明「陳情人」身分，且堅稱沒有對所屬檢察官關說、施壓，但因外界質疑聲浪不斷，調查小組堅持彭坤業若不說出受理「陳情」的經過，無法釐清全案是否涉及不當關說，彭坤業才說出「陳情人」就是邱太三。
調查小組查出， 3月5日桃園地院庭訊結束之後，檢辯雙方便沒有進一步聯繫協商，彭坤業原本也不知該案審判進度，直到3月18日彭坤業接獲「老長官」邱太三邀約晚宴，不以為意，沒想到席間邱太三突然向彭坤業「陳情」，指稱醫師張煥禎逃漏稅案的公訴檢察官，本來已經同意與被告認罪協商，甚至已經幾乎達成共識，3月5日開庭卻反悔不願協商，被告不知道背後有沒有什麼特別的原因等等，彭坤業才知邱太三的來意。
彭坤業接受調查時表示，他聽完邱太三的「陳情」，認為檢察官應言而有信，如果案件已經進入認罪協商程序，公訴檢察官卻出爾反爾，確實有損檢察機關公信力，還可能引發外界對於檢察官操守的不當聯想，他為了保護資歷不足的檢察官免於受傷害，才基於檢察一體原則，透過襄閱、公訴主任提醒公訴檢察官注意相關訴訟程序，並指示走完認罪協商程序，當時主任檢察官回報公訴檢察官陳嘉義同意繼續進行協商，他認為事情已圓滿解決，沒想到21日檢察官論壇竟有人PO網對他提出不實指控，且事後詢問主任檢察官，才知陳嘉義主動要求加派人力。
調查小組整理相關人員約談筆錄，初步發現檢察長彭坤業和襄閱、公訴主任供詞大致相符，但對於有無指示完成認罪協商及為何增派一名公訴檢察官部分，彭坤業等3人和陳嘉義的說法仍有出入，使得責任歸屬不易釐清。
更棘手的是，總統府國安會首席諮委邱太三而他身分敏感，目前又不是法務部體制內成員，除非邱太三自願說明，否則調查小組恐無權對他進行約談釐清真相，且調查結果若認定邱太三不當關說司法，法務部也無權對他處分，但若迴避邱太三「陳情」的動機及具體內容，甚至刻意不交代「陳情者」身分，又恐難昭公信，導致全案調查陷入兩難，正式調查報告也遲遲無法出爐。
《蘋果》報導本篇新聞後，邱太三發表3點聲明，表示他為避免被告對檢察官反悔不願繼續認罪協商的行為，有「少做了一些事」等不當揣測，因而導致司法形象受到傷害，才依法陳情，並強調他本人「坦蕩」，且主動聯繫高檢署接受調查，絕無介入個案關說。
但立委黃國昌透過臉書痛批邱太三，基層檢察官怒火衝天，透過前部長要求指示認罪協商，這不是關說施壓、什麼是關說施壓？還「司法改革有功」簡直是無恥透頂！基層檢察官也表示，不論是陳情、關心還是關說，曾是法務部長也是司法官一員的邱太三，根本不該做這樣的事，他連說都不該說，這對司法公信力是嚴重的傷害，看在民眾的眼中，難免再落入司法為權貴服務的印象。
民間司改會董事長林永頌強調：「這件關說疑案影響重大，不能只有檢察體系內部調查，必須有外部人士參與，以昭公信，司改會明天將送請有外部委員的檢察官評鑑委員會進行調查。」一名法官則批評：「以政治人物的道德標準來說，邱太三應該辭去國安會職務。」
對此，法務部長蔡清祥表示，他得知這項爭議後，立刻指示高檢署調查，且經彭坤業同意後，暫時將他調任高檢署主任檢察官，未來將等正式調查報告出爐，釐清相關人員有無違失，才能進行後續處置。
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