學界盛傳前教育部長吳茂昆安插兒子到中研院物理所任職，引發爭議，對此他表示，年輕科學家到物理所任職並無問題，更直說：「不能因為他是吳茂昆的兒子就不聘！」
前教育部長吳茂昆爭議多，學界盛傳吳多年致力安插其子吳孟真在中研院物理所任職，但吳孟真的科研表現不佳，多年獲聘未成，吳茂昆卻未放棄，近日傳出吳茂昆將離開物理所，以利避嫌，並於2月1日轉調到中研院應用科學研究中心，以利吳孟真「卡位」。近期吳孟真在物理所網頁名列訪問學人，但來訪單位留白，引發濫用特權的質疑。
吳茂昆在學界爭議不斷，一名熟知物理學界人士透露，吳茂昆專長為超導研究，產學關係極佳，為了讓自己的學研資源得以延續，也培育兒子從事相關領域研究，但超導研究過於艱澀，吳孟真即便擁有美國杜克大學博士文憑，但學研表現並不傑出，多年爭取中研院物理所正式職務未果。
該名學者指出，明知不容易，吳茂昆卻始終沒有放棄把兒子「塞」到中研院，盼能擁有正式研究職務。不堪吳茂昆的施壓，中研院內部近日終於找到辦法，瞄準正在進行人事改組的應用科學中心，並主動說服中心即將接任的一級主管，讓吳茂昆2月1日調職到該中心，方便吳孟真到物理所任職。
兒掛名訪問學人 惹議
其他學界人士透露，吳茂昆在中研院物理所的勢力很大，即便吳近日針對他在擔任東華大學校長任內在美國開公司一事被公務員懲戒委員會判決記過1次，絲毫不影響他在學界的深厚關係，因此吳茂昆現在仍是中研院特聘研究員，年薪高達500萬元。
去年吳茂昆在擔任教長任內，被爆出父子二人共同掛名論文，甚至還利用行政權力，無視利益迴避，安排其子吳孟真在中研院內工作，被酸是兒子的「論文門神」，目標在於墊高學術經歷。
中研院物理所官網顯示，吳茂昆兒子吳孟真掛名為該所訪問學人，目前正值訪問期間，期程自去年9月1日起至今年8月31日止，但不同於其他訪問學者，吳孟真的來訪單位則空白。
