這兩家的關係不大，硬要說的話，都追求高品質的動畫吧。

先說說作品的製作架構上，有著明顯的不同。

首先，新海誠是以個人名義代表Comix Wave Films推出動畫的，除了監督外，包括作品的企劃，劇本，甚至背景都會由他親自來製作，這一類，有點類似宮崎駿的動畫電影的模式，一個人全權負責最關鍵的部分，這和京阿尼的模式截然不同，新海誠的團隊，新海誠是絕對的核心，缺乏了新海誠，作品就缺乏了靈魂。

京都動畫就是一個工作室性質了，他是以整個團體來做動畫的，和其他的動畫公司是一樣的，有分工，負責導演、作畫，後期等等，沒有誰代表誰，每一個成員都是京阿尼的一部分。這個和新海誠的模式完全不一樣，新海誠是自己能包辦的就會自己包辦的，京阿尼的話，動畫導演是只負責一個整體的，具體細節是管不了這麼多的，比如後期，可能是一竅不通的，只能確認一個最終的效果。

兩者的模式上有著明顯的區別。

另外從動畫形式上來說，新海誠是不做TV動畫的，京阿尼是劇場動畫，TV動畫，OVA都製作，新海誠更像是代表著一個團隊的個人，而京阿尼就是一般的動畫工作室，只不過和別的工作室不同，京阿尼的版權都是在自己手上的，有種“自產自銷”的味道。

兩者動畫的風格也差異非常大，新海誠的作品大都是通過漂亮的背景，來表達一種意向，表達一種整體的美感，人物畫的比較簡單。

京阿尼的動畫是既然相反的，人物是絕對的核心，人物繪製會非常用心，筆者敢說畫日常風的美少女，日本還沒有哪家動畫公司能畫的比京阿尼更入味。

新海誠和京阿尼的故事風格差異也很大，新海誠的故事比較簡單，甚至有些縹緲，比較給觀眾更多的感悟空間，例如《秒速五厘米》，《言葉之庭》等。

京阿尼的故事，大都是日常系，從最常見的對話開始著眼，但卻生動有趣。


總體來說，兩者作品沒有什麼明顯的共同特性，新海誠的作品明顯注重畫面的背景，因為新海誠就是從畫遊戲的背景出身的，京阿尼是做外包出身的，作畫最強的那些“大媽”，在繪製女孩子的小心思小表情的方面特別強大，《CLANNAD》，《輕音少女》都是其中的傑作中的傑作，這些作品，和新海誠的動畫，風格差異，實在是非常明顯。