針對媒體報導「南台灣兩岸關係研究學會」申請設立案，行政院大陸委員會表示，內政部於106年5月4日，函請教育部及陸委會提供意見，收文後即予處理，對學會申設無特別意見，於106年5月12日函復內政部，並無刻意阻撓或拖延之情形。

陸委會表示，政府一向持正面態度看待兩岸學術研究與交流，也支持各界在符合對等、尊嚴原則，以及現行法令規範下，持續透過兩岸學術界的溝通交流，促進彼此的認識與瞭解。