新年的鐘聲敲響前，迦勒底卻度過了一個嚴峻的新年。達芬奇醬在之前被新所長叫去解凍A組的七人，但是等到艙體打開的時候眾人發現，原先A組的七人的艙體早已空無一物，A組全都被偽裝成了在艙體裡的樣子。
隨後，迦勒底的觀測系統就馬上顯示了異常，和其他星球的通信全都斷絕了，一批軍隊入侵了迦勒底，監測系統顯示出了入侵者的圖像，進攻的從者為安娜皇女，尼古拉二世的女兒，是沙俄皇室被屠殺時下落不明的皇女。（作為第一章的術階從者，master為A組之一的卡杜克·杰梅爾普斯。據達芬奇和學妹說是個溫柔的但是悲觀的人）
不僅如此，在管制室出現了一隻特殊的從者，同時東邊的路也被凍結了。（據說能奶一口從者是所長？）
入侵者強行打開了關著咕噠一行人的門，這時學妹終於挺身而出重新進行武裝。
只是目前的學妹還是一個普通人而並不是作為從者的身份，而面對數量增加的敵人，險象環生，幸好在關鍵時刻福爾摩斯解救了兩位。
福爾摩斯向二人講述了迦勒底現在正在遭受不明軍隊的襲擊，大門被封鎖，咕噠一行人只能逃亡地下機庫的集裝箱，而咕噠和瑪修決定先去解救達芬奇親。
見到達芬奇的時候，她終於告訴了咕噠二人箱子裡所裝有的內容，原來這個箱子是儲存至今為止所召喚的英靈的靈基情報，也就是記錄了“緣”的圖表的備份，只要有箱子和瑪修在，有相應的靈脈和電力作為啟動，就能再次召喚出被遣送的從者們。（果然是移動召喚箱）這個箱子大概也是入侵者們在尋找的東西。
在和達芬奇親一起逃入地下車庫的時候，收到了倖存者（新所長）的求救信息，在一番糾結後，咕噠一行人決定先把倖存者救下。在面對著安娜和秘書的攻擊下救下了新所長以後，一行人返回到了地下機庫，雖然敵方從者追了上來，但是一行人馬上就能坐上集裝箱，只是在這時麻婆突然出來搞事（又是你個死偷稅的mmp，我今天就要召喚切絲papa崩了你丫）。
是的，達芬奇親被麻婆刺穿了。在消失之前她將箱子扔給了咕噠，並用將麻婆暫時束縛住了。咕噠一行人最後也乘著集裝箱逃亡了。
但是嘛，逃亡這種事情總是一波三折的。所以按照慣例也是這樣，秘書狐掏出了一把槍就對著咕噠的集裝箱來了一發，但是幸虧福爾摩斯之前做的虛數潛艇發揮了用場。儘管險象環生但是終於還是逃脫了出去。
在虛數潛艇內，一個讓大家完全沒有料到的人出現了。沒錯，就是她！剛才告別完大家的達芬奇親，只不過換了一種幼年的樣貌。
這是達芬奇之前為了給虛數潛艇進行操作而特意製造出來的人工servant（達芬奇Lily！！！太棒了！！）在另一邊，管制室裡，安娜將示巴以及整個管制室凍結了起來。（繼燒卻的命令後，人理再一次慘遭凍結的命運。）
總之，咕噠一行人終於逃離出了迦勒底，從福爾摩斯的敘述中，迦勒底已經被徹底銷毀，也就意味著咕噠一行人終究落為了無家可歸的地步，迦勒底的地址也終於明晰，他們處在6000米高的南極大陸的山上。
最後窗外出現了兩顆無法用常理解釋的隕石，廣播傳來了不知名的消息，述說著世界將再次回到非人的神秘，這顆星球也將回到神靈遍布的世界。（外神的遊星？）神選下了七個種子和領導者（A組無誤了，咕噠：等我出去.jpg）將這顆星球改造為異聞帶。（又是足以一個顛覆世界觀的設定出現了）泛人類史的生命無法參加這場戰爭，舊人理將被凍結，所以和筆者之前所發的視頻一樣，按照FGO一開始的CM描述，人類文明確實在2017年被觀測到成為了終結，也就是在這最後一天。
現在咕噠一行人唯一的出路就是依靠南極地區的神秘度進行再一次盛大的冒險，對Minus世界的挑戰，福爾摩斯展開了虛數觀測機.Paper moon。進行靈子分解，從現實中退去，修正人理。
總之到此為止，就是第二部序章的所有劇情了，各位master們準備好面對接下來的冒險了嗎？讓我們一起奪回未來吧！
