連接香港與中國廣東、深圳的「廣深港高速鐵路」香港段將採用「一地兩檢」通關檢驗做法，即在香港西九龍高鐵站內設置「（中國）內地口岸區」，允許中國執法人員在該區域內執行中國法律，亦受中國法院司法管轄。反對人士批評此做法如「割地賣港」，損害香港的司法獨立，也將摧毀「一國兩制」。
「一地兩檢」指抵達地和出發地的邊境管制人員於同一地點或者同一運輸工具，分別辦理跨境旅客的出入境手續，美國在加拿大口岸實施的預先通關、跨越歐洲多國的歐洲之星高鐵站均採取類似做法。
香港與中國自二○○七年起，在中國深圳灣口岸實施「一地兩檢」，香港特區政府向中方租用土地做為香港口岸區，該區內視為香港土地，適用香港法律。
港府指「廣深港高速鐵路」香港段是「香港版的深圳灣口岸模式」，國外也早有類似做法；實施「三部曲」為中國與香港特區就相關安排達成協議，再經中國人民代表大會常務委員會批准確認，最後由香港立法會立法實施。
根據英國廣播公司（BBC）新聞中文網、香港○一報導，西九龍站的內地口岸區也將出租給中國，將駐有中國的出入境邊檢、海關等單位約兩百人，擁有刑事執法權，允許帶槍，區內亦設有羈留室和存放槍械武器的器械室。
在香港實施「一地兩檢」的爭議關鍵在於香港基本法第十八條明訂：「除列於基本法附件三之法律外，全國性法律不在香港實施。」泛民派質疑，一地兩檢代表中國執法人員在香港執行內地法律，不僅違反基本法，縮小香港自治範圍，此例一開也將嚴重打擊香港法治和一國兩制。
公民黨議員陳淑莊批評此舉如同「割地」，內地公安以移動邊界方式進入香港；要香港人主動簽協議「割讓」香港，有如港人「要求皇上賜死」、「匪夷所思」。立法會「土地正義聯盟」議員朱凱迪強調，此方案是以方便當藉口，令香港邊界失去意義，摧毀基本法。民主黨議員林卓廷說，一地兩檢令香港失去部分司法管轄權，明顯違反了一國兩制。
剛被撤銷議員資格的劉小麗說，「割得我們的西九，下次會不會就割我們的金鐘、中環？」
前公民黨議員、香港大律師吳靄儀曾經撰文指出，深圳灣口岸不能稱為在香港實施「一地兩檢」的「先例」，因在中國境內實施香港法律，不牴觸基本法十八條，但是香港特區邊界早已由人大決定並通過法律，不能反向在香港劃地租給中國執法；至於外國口岸是主權國之間協議，與香港特區和中國關係不同。
