任何作品難免都會有所謂的黑歷史和廢案的設定，數碼寶貝也同樣如此，不過相關的黑歷史和廢案基本上國內很少有人提及，所以知道的人也不算很多，不過日本方面倒是多多少少隱晦的有所透露和公開過，本次就來簡單總結一下個人已知和確定的部分數碼寶別廢案和黑歷史吧。
1.鋼鐵海龍獸不是原四天王成員
原本鋼鐵海龍獸並不隸屬於初代BOSS黑暗四天王的行列中，最初擁有海洋勢力範圍統治權的是河豚獸，這個數碼寶貝也是官方最早在1998年設計的7個究極體數碼寶貝之一，不過因為個人形象問題，體現不出BOSS應該有的氣質和風範，所以沒辦法，河豚獸被踢出了黑暗四天王的隊伍中，把鋼鐵海龍獸給塞了進來，這也成就了戰暴恐龍剋星的優秀戰績，同時也讓鋼海成為了唯一一位從成熟期到究極體，一直被主角團隊拿來當經驗包的悲慘歷史。
2.哥瑪獸原究極體設定不是維京獸
哥瑪獸的究極體最初設定並不是維京獸而是蛇頸龍獸，而維京獸早在最初的圖鑑中全名為維京毛人獸，也就是說維京獸嚴格意義上是毛人獸的究極體，不過後來設定改了，毛人獸沒究極體了，維京獸給了哥瑪獸，而至於蛇頸龍獸，哪兒涼快哪兒待著去吧。
3.二代BOSS變種吸血魔獸原本是七魔王成員
原設定變種吸血魔獸是七魔王成員之一，變相的為了抬高第二部BOSS的實力強度，不過很可惜，後來完整的七魔王設定出來之後感覺變種吸血魔獸不論形像還是實力太LOW了，二話不說直接踢出了組織，而且官方還不忘親自嘲諷一句，變種吸血魔獸的必殺技不過是巴魯巴獸必殺技能量的一小部分，厲害了我的官方。
4.四代原本想做成競技場PK劇情
四代的劇情原稿設定之前挖出來過，本來想走和寶可夢一樣的主角精靈格鬥的設計，不過具體的風格也和現在我們看到的第四代是一樣的，通過人附身在數碼獸上，不過這個方案被駁回了，然後我們現在看到的四代橫空出世。現在想想不禁暗自慶幸，多虧官方駁回了，不然這劇指不定會被噴成什麼樣，當然部分設定還是予以了保留，比如說野火獸。
5.五代丁香獸究極體原設定為蓮花獸
第五代丁香獸的進化路線非常奇葩，最後究極體居然是薔薇獸，而原本設定中直系的丁香獸進化方案應該是蓮花獸的，不知道官方為何要給這麼個設定，可能是為了填初代的坑吧，而且蓮花獸雖然是數據種，但是形像上怎麼也看不出像正派來。所以蓮花獸就成了劇中的反派了，不過就目前得知的最新資料以及種種情報現實，原本丁香獸就是要進化成蓮花獸的。TRI給初代補完了究極體之後，官方現在肯定也是相當的尷尬。
