相傳於清乾隆年間,在九份地區有雞公精作亂,雞公精特別會騷擾當地結婚的新人,有新娘被雞公精調戲,許多新郎半夜也被雞公精踢下床,不少新人因此嚇到不敢洞房;此外貓精也趁此肆虐村落,村民所飼養的家禽不時被貓精啃食,四處皆為家禽屍體,村民不堪其擾找道士作法卻遲不見效果,遂請示當地紅公祖解惑,紅公祖隨即上天庭稟報「神農大帝」,神農大帝為之震怒,乃親下凡間立顯神蹟降駕在村民身上,手持法器扶乩不費催灰之力即將雞公精及貓精收伏,讓村民恢復平靜之日,自此,當地村民開始信奉神農老帝。
(翻攝 青雲殿臉書)
民國49年農曆4月11日,神農大帝突然顯神蹟指示要蓋廟,威靈顯赫附身主鸞(乩身)游賴的身上,游賴遵循神農大帝的指示,獨自一人走在雜草叢生的基隆山上,最後走至「鷹仔石」離地面數百公尺的峭壁上,所有村民在地面看傻了眼!此時游賴突然躍身跳下百尺深處平地,並手持寶劍插至神農大帝所指示的寶地分金線且絲毫不差,隨後高呼曰:「此地是我駐駕聖址,廟座東朝西,要建三殿,中線左右各伸三十六尺深三十九尺六寸言畢而退駕」。
這件事情絕不是傳言,因當天有數十位信徒皆見證了此神蹟。民國53年農曆8月8日晉殿後「神農老祖」就常駐於青雲殿迄今,建廟期間廟方曾一度為廟名要取名為青雲堂、青雲寺還是青雲宮傷透腦筋,後來神農老祖降駕指示:「吾廟非小廟」,經指示後才取名為今天的「青雲殿」。